La tradición afirma que el Monasterio de San Agustín fue el primer convento fundado en Burgos, con orígenes que se remontan al siglo IX, coincidiendo con la creación de la ciudad. En sus inicios, el convento era un eremitorio bajo la advocación de San Andrés, ubicado en el paraje conocido como La Semella. Sin embargo, no hay documentos que confirmen esta etapa primitiva, por lo que la mayoría de las referencias documentadas comienzan en el siglo XII.
A partir del siglo XII, los agustinos en Burgos comenzaron a ganar notoriedad. Un hito clave en la historia del monasterio fue la donación realizada en 1267 por la infanta Doña Blanca de Portugal, que permitió a la comunidad ampliar el edificio conventual y disponer de una huerta. Esta etapa fue marcada por el crecimiento del convento y su reconocimiento dentro de la sociedad burgalesa.
Además, en el siglo XII, se entronizó en la iglesia del convento la imagen del Cristo de Burgos, lo que impulsó una creciente devoción y atrajo donaciones significativas de nobles, mercaderes y la realeza, contribuyendo al desarrollo del cenobio.
El siglo XVI fue la época de máximo esplendor para el Monasterio de San Agustín, especialmente durante la autoridad de Santo Tomás de Villanueva. En esta etapa, el monasterio llegó a contar con 60 religiosos y se convirtió en el lugar de enterramiento elegido por importantes familias burgalesas, como los Sanzoles, Orense y Gallo. La prosperidad del convento se reflejaba en sus riquezas artísticas y su creciente importancia dentro de la sociedad.
La iglesia del convento contaba con tres naves, dos coros (uno de ellos costeado por Felipe II) y varias capillas, destacando la del Cristo de Burgos. Esto convirtió al monasterio en un importante centro de peregrinación religiosa, atrayendo tanto a la población local como a visitantes de fuera de Burgos.
El monasterio sufrió su declive con la llegada de las tropas francesas durante la Guerra de la Independencia (1808-1814). Las fuerzas francesas convirtieron el convento en un hospital y almacén de guerra, lo que causó graves daños al edificio. Tras su retirada, el monasterio fue incendiado y destruido en gran parte.
Aunque los frailes agustinos intentaron reparar el monasterio, la situación siguió deteriorándose hasta que la vida conventual se extinguió en 1828. El golpe definitivo llegó con la Desamortización de Mendizábal en 1836, que expropió los bienes del convento y marcó el fin de su historia como institución religiosa. La imagen del Santísimo Cristo de Burgos fue trasladada ese mismo año a la Catedral de Burgos, donde permanece hasta la actualidad.
Tras la desamortización, la Diputación Provincial de Burgos adquirió los restos del monasterio en 1863 y lo destinó a diversos usos, como el Colegio de Sordomudos. Más adelante, en 1881, la Diputación también se hizo con los terrenos de las huertas del convento, donde se construyó el Hospital Provincial y el Complejo Asistencial de San Agustín.
Durante el siglo XIX y la primera mitad del siglo XX, el edificio albergó varias instituciones educativas, como la Escuela Normal de Maestros, la Escuela de Comercio y la Escuela de Aparejadores. Sin embargo, estas reformas y adaptaciones alteraron progresivamente los restos históricos del convento.
En 1892, a pesar de los cambios sufridos, el edificio fue declarado Monumento Histórico Artístico, lo que contribuyó a la protección de su patrimonio. A finales del siglo XX, en 1998, comenzaron las obras de rehabilitación del monasterio, a cargo de la arquitecta Marina Escribano Negueruela, combinando elementos antiguos con nuevas estructuras. El edificio fue inaugurado como espacio cultural el 20 de mayo de 2002.
Hoy en día, el monasterio alberga varias instituciones y servicios, entre los que destacan:
