El monasterio de San Juan de la Hoz es uno de los enclaves históricos más singulares del norte de la provincia de Burgos. Situado a aproximadamente un kilómetro de la localidad de Cillaperlata, en pleno desfiladero que forma el río Ebro al atravesar las estribaciones orientales de la Sierra de la Tesla, este antiguo cenobio se levanta en un paraje de gran fuerza paisajística y simbólica. Aunque hoy solo se conservan restos arqueológicos, su importancia histórica, religiosa y territorial fue decisiva para el origen y desarrollo de Cillaperlata y de todo su entorno.
La historia de Cillaperlata está estrechamente ligada al monasterio de San Juan de la Hoz desde época altomedieval. El topónimo Cellaprelata o Cellamprelatam sugiere la existencia de un pequeño centro monástico independiente, uno de los muchos que surgieron en esta zona como base para la repoblación del territorio. Ya en el año 1011, en la dotación fundacional del monasterio de San Salvador de Oña, se citan tanto el monasterio de San Juan como el propio pueblo con su iglesia parroquial, quedando ambos bajo la dependencia de la poderosa abadía oniense.
Sin embargo, la documentación escrita permite retroceder aún más en el tiempo. El 31 de noviembre del año 790 ya consta la existencia de San Juan de la Hoz como abadía, con posesiones propias, lo que da cuenta de su notable antigüedad. A lo largo de los siglos recibió importantes donaciones, como las realizadas por el conde Sancho en 954 o por doña Eldoara en 967. En el año 1002, el abad Alejandro II cedió sus derechos al conde Sancho García, quien estableció en el monasterio un régimen monástico dúplice, colocando como abadesa a su hermana doña Oñeca.
Desde 1011, San Juan de la Hoz quedó integrado definitivamente en el patrimonio de San Salvador de Oña, dependencia que se mantuvo durante siglos. En 1316 aún funcionaba como monasterio, aunque más adelante pasó a tener rango de priorato. Durante la crisis social del reinado de Alfonso XI, la abadía de Oña se vio obligada a hipotecar o arrendar algunos de sus prioratos, entre ellos San Juan de la Hoz, para asegurar sus rentas.
El episodio más traumático de su historia llegó durante la invasión francesa. En 1810, el prior fray Juan Muñoz, acusado de afrancesado, provocó un profundo rechazo entre los vecinos. La situación desembocó en el saqueo del monasterio por parte del guerrillero Francisco Loriga, dejando la iglesia y las dependencias en estado ruinoso. A este hecho se sumaron los prolongados conflictos entre el monasterio y los dos barrios de Cillaperlata por los derechos de parroquialidad y las obligaciones de vasallaje, lo que explica la escasa oposición vecinal al asalto. El abandono definitivo no se produjo hasta 1835, durante la Primera Guerra Carlista, cuando el monasterio fue destruido.
Tras su ruina, una de las piezas más valiosas que albergaba, la talla original de la Virgen de Covadonga, fue trasladada a la población, donde se conserva como uno de los principales símbolos devocionales de Cillaperlata.
Los restos conservados corresponden a un complejo monástico de gran interés arqueológico. Las excavaciones realizadas en la década de 1980 sacaron a la luz la existencia de tres iglesias superpuestas: una prerrománica con ábside cuadrado, una románica datada en la segunda mitad del siglo XII y una última reforma de los siglos XVII y XVIII. También se documentó una necrópolis altomedieval con tumbas excavadas en la roca, fechadas entre los siglos VIII y XI.
Del templo románico se conserva con claridad la planta y parte del alzado. Constaba de ábside semicircular, tramo presbiterial recto y nave única con falso crucero no destacado en planta, siguiendo un modelo común a otros importantes edificios románicos burgaleses. Destacan los restos de columnas con basas bien definidas, los bancos corridos de piedra adosados a los muros y los indicios de una posible torre sobre el falso crucero. Se han recuperado también canecillos decorados con cabezas de animales y fragmentos de cornisa con motivos de billetes, algunos de los cuales se conservan hoy en el Museo de Burgos.
En la actualidad, el monasterio de San Juan de la Hoz se conserva como yacimiento arqueológico y espacio de memoria histórica. No tiene uso litúrgico ni comunitario, pero su entorno es visitable y permite comprender la magnitud y relevancia del antiguo cenobio. Las campañas arqueológicas han sido fundamentales para documentar y proteger los restos, integrándolos en el patrimonio histórico de Cillaperlata y de la Merindad de Cuesta Urria.
