La Ermita de San Amaro se sitúa justo en el mismo trayecto del Camino de Santiago y contiguo al conocido como Hospital del Rey, antiguo hospital de peregrinos. Aunque más que una ermita se trata de un Santuario ya que en ese lugar se alberga los restos del Santo Amaro. Fue Amaro según narra su historia un peregrino seguramente de origen francés que después de hacer el camino a Santiago de Compostela y a su vuelta se estableció de forma continua en Burgos para ayudar, cuidar y mejorar la vida de enfermos, pobres y peregrinos, hasta su muerte.
San Amaro fue dado sepultura donde encontramos la ermita dedicada al mismo, ya que aquel lugar era el cementerio del hospital, es entonces cuando numerosos devotos comenzaron a venerar su tumba lo que hizo que en 1614, Fray Pedro Lezcano, comendador del Hospital del Rey, mandó rehacer la vieja ermita para seguir venerando al santo y servir de lugar de memoria de su vida y obra.
Su vida se plasmó en doce lienzos, de los que se conservan once y los cuales todavía a día de hoy se pueden ver en la ermita, estas pinturas fueron encargadas en 1691 por un grupo de devotos y recorre la vida y obra del santo, de como trataba con los pobres, como Satanás quiso engañarlo, hasta las últimas pinturas que detallen los días de su fallecimiento y su entierro.