El Hospital de la Concepción fue el primer hospital de corte modeno que se levanto en la ciudad de Burgos, para ello, se comenzó la obra a partir del año 1552 gracias a la fundación y empeño del rico mercader de la lana Diego de Bernuy el cual puso en marcha este hospital para atender a los pobres de la ciudad.
En una época que la ciudad ya comenzaba a expandirse fuera de los limites de la muralla, creando diferentes arrabales que harían hueco para la instalación de este hospital junto al ya establecido convento de San Agustín, allí diversos terrenos que pertenecían al cabildo catedralicio. Su primogénita construcción constaba de dos naves, para la atención a hombre y mujeres de forma respectiva, algunos afirman de la autoría de esa primera parte a Juan de Vallejo, importante arquitecto que trabajo en diversos proyectos de la ciudad. Desde su fundación fue tal su importancia que la misma Santa Teresa de Jesús se hospedo en él, cuando se acerco a la ciudad a fundar un convento en 1582.
Para el siglo XVII fue requerida una ampliación del mismo, la cual se puede observa actualmente en su portada más visible en la confluencia de la Calle Madrid, para esa ampliación se necesito de un tiempo amplio para llevarla adelante, pues se fue desarrollando a medida que las limosnas y ayudas daban para ejecutar los trabajos.
Durante todo el siglo XVIII el Hospital mantuvo sus usos habituales, hasta que en 1799 terminó convirtiéndose en Colegio de Medicina y Cirugía que mantuvo su actividad hasta 1824, con diferentes periodos en los que se hizo uso del mismo por los militares, durante la ocupación francesa.
Después de la desamortización el edificio fue utilizado en diferentes ocasiones para usos militares y se intento su consolidación con cuartel militar.
Declarado en 1946 como patrimonio nacional, durante diversas épocas del siglo XX, su ruina no hizo más que avanzar, hasta que el ayuntamiento de Burgos se hizo con el mismo y posteriormente a manos de la Universidad de Burgos y tras una intensa reforma, espera los fondos adecuados que hagan de este centro de nuevo, un importante lugar para la historia.