Fundado por Santa Teresa de Jesús en 1582, siendo esta su última fundación, el que fue un Convento Carmelita de las carmelitas descalzas, para llegar a su puesta en marcha Santa Teresa tuvo ciertas dificultades, ya que el arzobisco Cristóbal Vela se negaba a dar el visto bueno, a pesar de que las monjas, tenían casa propia, rentas suficientes y el apoyo de las autoridades locales.
El 4 de noviembre de 1581 el municipio dio su apoyo y aprobación y Santa Teresa vino a Burgos el 26 de enero de 1582 para poner a la nueva fundación bajo la protección de su Cristo.
La iglesia conventual fue construida posteriormente a finales del siglo XVI, en dicho convento se guardan diversas reliquias de la Santa y destaca una gran escultura de Santa Teresa de principios del siglo XVII y un retrato de Cristo que la santa pidió realizar después de una de sus visiones.
Junto al edificio encontramos hoy en día el convento de las trinitarias, construido a principios del siglo XX.