El actual IES Cardenal López de Mendoza, se creó con el Colegio de San Nicolás, ha sido siempre una institución de enseñanza que partió de la idea de dicho Cardenal, el cual proveniente de una familia noble y poderosa, pues era nieto de los Condestables de Castilla, los cuales se encuentran enterrados en la capilla de su nombre en la Catedral de Burgos, en su herencia y testamento decidió crear este colegio para mejorar la educación de los más pobres de su diócesis.
Pedro Fernández de Velasco, familiar del Cardenal es quien se compromete a llevar adelante dicha tarea, empezando su construcción en 1538, llevando su labor docente hasta que en requisado por las tropas napoleónicas y posteriormente utilizado como cuartel, después de la guerra de independencia. Es a partir de 1845 cuando vuelve a ser centro educativo, albergando entre otros usos la Escuela Normal de Magisterio, el Observatorio Meteorológico provincial, pero allí se han cursado cátedras de diversas disciplinas incluyendo Agricultura teórico-práctica. En 1903, el Catedrático José López Zuazo, crea el Museo de Ciencias Naturales uno de los más importantes de Castilla y León.
Edificio renacentista, uno de los mejores ejemplos de la ciudad de Burgos, utilizando piedra caliza de Hontoria, la misma que la de la catedral, una fachada lisa, donde destacan los escudos de los Velasco y Mendoza, en su interior un claustro que dividido en dos alturas, con una capilla a su izquierda, al lado derecho dos grandes aulas que han desarrollado diferentes cátedras, un amplio patio con una fuente en el centro.