La iglesia de San Lesmes se trata de un templo gótico dedicado a San Lesmes Abad, patrón de la ciudad de Burgos, ubicada extramuros de la ciudad en la ribera del río Vena y en la conocida como Plaza San Juan, por donde atraviesa el camino de Santiago y entra en la ciudad por el arco de San Juan, frente a la actual biblioteca pública y antiguo hospital de San Juan y al lado del antiguo monasterio de San Juan.
San Lesmes era un monje benedictino que llego a Burgos de la abadía benedictina francesa Chaise-Dieu, de la mano de la reina doña Constanza de Borgoña, tercera esposa de Alfonso VI, rey de León, Galicia y Castilla, quien había mandado crear en 1074 la capilla dedicada a San Juan en Burgos con el fin de dar el cambio espiritual de la corte, modificando el rito mozárabe al romano de la época. En esa misma capilla, San Lesmes se retiró y dedicó su vida a la atención de peregrinos al paso por la ciudad.
En 1383, el monarca Juan I de Castilla ordena la demolición de la antigua capilla de San Juan, donde descansaban los restos de San Lesmes y crear una nueva edificación dedicada en este caso al santo burgalés. Final del siglo XV, se incorpora la portada gótico lateral, abriendo la iglesia a la plaza de San Juan, esta misma atribuida al taller de los Colonia.
Su fachada cuenta con una entrada, rosetón superior y una monumental espadaña que se fecha en 1665 de la mano de Domingo Alviti y Ruiz Cagigal. En el centro de la nave de la iglesia se encuentra el sepulcro del santo, con una escultura del mismo, realizado en el siglo XVI, de una gran maestría.
A finales del siglo XVI se construyó también la capilla de Ruiz de Camargo, que hoy en día se utiliza como museo parroquial en la que se encuentran pinturas de los siglos XVI al XVIII y el retablo de San Bartolomé, procedente de la iglesia de San Esteban.