La iglesia y convento de Nuestra Señora de la Merced es un tienen hoy un uso dividido entre la iglesia bajo la dirección de los Padres Jesuitas y el antiguo convento, convertido hoy en día en un establecimiento hotelero.
Hacia 1419 los Padres Mercenarios decidieron instalarse a la ribera del Arlanzón de la ciudad de Burgos y muy cerca del puente y la entrada del Arco de Santa María, bajo el auspicio de algunas ricas familias burgaleses y el obispo. Bajo la dirección de Francisco de Colonia o quizá de su padre, Simón de Colonia se comenzaron las obras del convento, las cuales se alargaron hasta 1519. En 1836 la desamortización de Mendizábal hace salir a los frailes mercedarios, quedando el convento a la disposición del ejército, saqueando buena parte del rico patrimonio atesorado en el mismo, es en 1891, la iglesia vuelve al culto bajo la dirección de la Compañía de Jesús, la cual se mantiene hasta hoy en día.
En 2001 la iglesia sufrió un incendio accidental que realizo importantes daños materiales, algunos irrecuperables y la iglesia no volvió a abrir hasta 21 de mayo de 2003, después de una importante intervención en la misma.
El Claustro del convento obra de Juan de Vallejo, creador del Cimborrio de la Catedral, a mediados del siglo XVI, es el distribuidor de habitaciones del negocio hostelero, está totalmente reformado y conservado.